在東京的日本帝國(guó)大本營(yíng)，決策層對(duì)下一步的作戰(zhàn)計(jì)劃各持己見。有很多人仍想按照原計(jì)劃隔斷澳大利亞和美國(guó)的聯(lián)系，從而將太平洋戰(zhàn)場(chǎng)一分為二。也有人反對(duì)，認(rèn)為當(dāng)務(wù)之急是要建立防線，這種觀點(diǎn)在杜立特空襲東京之后得到了更多的支持。占領(lǐng)中途島就屬于這種謹(jǐn)慎作戰(zhàn)行動(dòng)，日本人企圖誘使美國(guó)海軍太平洋艦隊(duì)出動(dòng)，然后予以殲滅。在中途島戰(zhàn)役中，日軍“瑞鳳”號(hào)航母負(fù)責(zé)近距離空中支援，“鳳翔”號(hào)航母負(fù)責(zé)為山本五十六親自指揮的主力艦隊(duì)護(hù)航。
當(dāng)時(shí)，山本本人乘坐旗艦“大和”號(hào)戰(zhàn)列艦，配備9門18英寸口徑火炮，火力非常強(qiáng)大。南云忠一指揮的第1航空艦隊(duì)為登陸行動(dòng)實(shí)施遠(yuǎn)距離策應(yīng)，準(zhǔn)備隨時(shí)攻擊進(jìn)入該海區(qū)的美軍太平洋艦隊(duì)。山本五十六的主力艦隊(duì)在300英里之外，負(fù)責(zé)殲滅未被南云艦隊(duì)干掉的美軍艦機(jī)。為了分散美軍注意力，日軍派出“龍?bào)J”號(hào)和“隼鷹”號(hào)航母組成的突擊隊(duì)，襲擊駐阿拉斯加附近阿留申群島的美軍部隊(duì)。
令人不可思議的是，南云雖然有著指揮航母作戰(zhàn)的豐富經(jīng)驗(yàn)，卻不能參加討論作戰(zhàn)計(jì)劃的會(huì)議，而只是執(zhí)行上司的命令。甚至早在珊瑚海海戰(zhàn)之前，有關(guān)的作戰(zhàn)計(jì)劃就曾引起過巨大爭(zhēng)議，南云的參謀長(zhǎng)草鹿龍之介認(rèn)為，鑒于整個(gè)艦隊(duì)剛剛襲擊了珍珠港，遠(yuǎn)未做好下一輪進(jìn)攻準(zhǔn)備。日本艦隊(duì)的船只需要維修，而非簡(jiǎn)簡(jiǎn)單單地添加燃料、裝滿物資。損失的飛行員需要更優(yōu)秀的人選填補(bǔ)，新兵員需要訓(xùn)練才能投入戰(zhàn)斗，老兵在連續(xù)作戰(zhàn)后急需休息。
淵田美津雄也贊成草鹿龍之介的看法，他認(rèn)為眼下經(jīng)驗(yàn)豐富的飛行員實(shí)在太少，尤其是從錫蘭戰(zhàn)場(chǎng)回來(lái)的飛行員大都被派到其他戰(zhàn)場(chǎng)。此外，襲擊阿留申群島美軍的做法，也在一定程度上分散了艦隊(duì)力量。淵田美津雄甚至認(rèn)為，日軍占領(lǐng)中途島其實(shí)毫無(wú)意義。日本第2航空戰(zhàn)隊(duì)司令官山口多聞也支持淵田美津雄等人的觀點(diǎn)，但反對(duì)派的聲音卻更高。
淵田美津雄甚至試圖通過參謀佐佐木取得和山本五十六的聯(lián)系，卻未能實(shí)現(xiàn)。當(dāng)時(shí)，沒有人想到要向富有航空作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)的指揮官請(qǐng)教，淵田美津雄有關(guān)日軍主力艦隊(duì)距離戰(zhàn)場(chǎng)太遠(yuǎn)的擔(dān)心，被比他軍階更高的軍官輕而易舉地排除了，后者認(rèn)為美國(guó)海軍太平洋艦隊(duì)此時(shí)已經(jīng)不堪一擊，他們根本不把配備有高射炮的美軍重型戰(zhàn)艦放在眼里。
日軍過于自信，低估了美軍實(shí)力，釀成了更大的損失。此時(shí)，美軍已經(jīng)破譯了日軍情報(bào)，對(duì)其動(dòng)向了如指掌，而日本人還蒙在鼓里。在對(duì)情報(bào)進(jìn)行認(rèn)真分析之后，美軍太平洋艦隊(duì)尼米茲確信中途島就是日軍下一個(gè)進(jìn)攻目標(biāo)，他和遠(yuǎn)在華盛頓的金上將交換了想法，兩人一致認(rèn)為占領(lǐng)中途島后，日軍下個(gè)目標(biāo)就是夏威夷。
他們開始考慮究竟是把航母推進(jìn)到太平洋深處，將日軍阻止在中途島，還是集中主力保護(hù)夏威夷。夏威夷不僅地理位置優(yōu)越，還是重要的戰(zhàn)略基地，此外，島上還有著大量的美國(guó)居民。第三個(gè)辦法就是把現(xiàn)有兵力一分為二。金認(rèn)為，應(yīng)該集中兵力保衛(wèi)中途島，如有需要再撤回夏威夷。
1942年4月28—29日，日本人在“大和”號(hào)戰(zhàn)列艦上召開一次重要會(huì)議，討論下一步作戰(zhàn)計(jì)劃，這是淵田美津雄和源田實(shí)表達(dá)自己想法的最后一次機(jī)會(huì)。會(huì)上，那些高官們認(rèn)為淵田美津雄、源田實(shí)以及其他一些反對(duì)者的意見稀奇古怪，他們甚至重溫了南云艦隊(duì)的作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)，看看能不能從中學(xué)點(diǎn)什么。淵田美津雄再次提議應(yīng)當(dāng)成立一支獨(dú)立艦隊(duì)，與山本五十六的第1艦隊(duì)一起，協(xié)同6艘航空母艦、“大和”號(hào)戰(zhàn)列艦和幾艘巡洋艦實(shí)施作戰(zhàn)。
然而，淵田美津雄的見解再次被置之不理，在距離“翔鶴”號(hào)航母在珊瑚海海戰(zhàn)中受到重創(chuàng)不到一星期的情況下，長(zhǎng)官們?nèi)匀怀涠宦劇Ｔ谏汉骱?zhàn)役中，他們就應(yīng)當(dāng)意識(shí)到美軍遠(yuǎn)非想象的那樣不堪一擊，恰恰卻是勢(shì)如破竹。日軍的失敗是因?yàn)榕袛嗍д`，尤其是山本五十六沒能料到美國(guó)海軍正日益恢復(fù)和壯大起來(lái)，美國(guó)的工業(yè)優(yōu)勢(shì)日益凸顯出來(lái)。
日本海軍情報(bào)系統(tǒng)似乎也出了嚴(yán)重紕漏，再加上計(jì)劃不周、忽視對(duì)手的真正實(shí)力以及輕視中級(jí)軍官例如淵田美津雄和源田實(shí)等人的經(jīng)驗(yàn)，使得情況進(jìn)一步惡化。很明顯，美國(guó)海軍航空兵經(jīng)過戰(zhàn)爭(zhēng)洗禮，正變得越來(lái)越有信心，越來(lái)越有實(shí)力。
日本人認(rèn)為美軍在太平洋戰(zhàn)場(chǎng)上只有2艘航母，事實(shí)上卻是3艘，分別是斯普魯恩斯海軍上將麾下第16特混艦隊(duì)的“企業(yè)”號(hào)和“大黃蜂”號(hào)，弗萊徹海軍上將麾下第17特混艦隊(duì)的“約克城”號(hào)。甚至在規(guī)劃諸如突襲中途島這樣的大型作戰(zhàn)行動(dòng)時(shí)，日本帝國(guó)海軍仍然忘不了分散部分兵力實(shí)施佯攻。
5月30日，為了攻打馬達(dá)加斯加的迪耶果-蘇瓦雷斯港（今安齊拉納納），日軍動(dòng)用了袖珍潛艇。這個(gè)港口此前被英軍部隊(duì)占領(lǐng)，這是英國(guó)人獨(dú)自進(jìn)行的最后一次大規(guī)模作戰(zhàn)行動(dòng)。當(dāng)時(shí)，英軍無(wú)法穿越地中海前往埃及，要想保衛(wèi)蘇伊士運(yùn)河，就只能繞道南非好望角，這是唯一一條線路。
軸心國(guó)軍隊(duì)一旦占領(lǐng)馬達(dá)加斯加，就可以在此攔截美英盟軍的護(hù)航運(yùn)輸隊(duì)。因此，英國(guó)海軍少將賽弗雷特率領(lǐng)一支小型艦隊(duì)（包括航空母艦“光輝”號(hào)和“不屈”號(hào)、“拉米利斯”號(hào)戰(zhàn)列艦、2艘巡洋艦和11艘驅(qū)逐艦）進(jìn)攻蘇瓦雷斯港。
5月30日，日軍袖珍潛艇擊中了“拉米利斯”號(hào)戰(zhàn)列艦，卻未能將其擊沉，這艘老式戰(zhàn)列艦不得不維修了12個(gè)月。第二天，日軍袖珍潛艇在悉尼發(fā)動(dòng)了類似的攻擊，但一無(wú)所獲。倘若這些日軍袖珍潛艇對(duì)美國(guó)海軍艦隊(duì)的某個(gè)主要錨地、港口或者巴拿馬運(yùn)河實(shí)施攻擊，效果也許會(huì)好出許多。上述作戰(zhàn)行動(dòng)的唯一作用，就是證明了日本帝國(guó)海軍在第二次世界大戰(zhàn)期間曾經(jīng)到達(dá)的最西和最南戰(zhàn)場(chǎng)。
